Манастирът е основан през Второто българско царство. Споменава се още през 11в. в документ за имотите на Бачковския манастир. Манастирът възниква като религиозна обител около аязмо с лечебна вода. Наречен е на светите братя Козма и Дамян заради техните лечителски способности. Манастирът от край време е посещаван от болни хора и особено от душевноболни, тъй като се вярва, че ако пренощуват в него, ще се почувстват по-добре. В притвора на едната от двете църкви в комплекса, посветена на Св. Св. Козма и Дамян, все още могат да се видят чифт окови. В миналото душевноболни хора с били оковавани с тях към пода с цел да се излекуват. По настоящем се вярва, че ако болен човек подържи оковите за известно време или ги допре до болното място, ще се излекува.
Когато българските земи са превзети от Османската империя, ролята на манастира като място, към което се стичали болни хора с надеждата да намерят изцеление, нарастнала. Турските власти пазели манастира, тъй като в него се лекували и семействата на османските управници. Бил е защитаван от набезите на разбойници, като дори са били изпращани турски войници от Пловдив, когато се е налагало. През 1657г., когато много манастири в Родопите са разрушени, монаси се стичат към “Св. св. Козма и Дамян”. През 17 в. манастирът е служел за книжовен център, като известни творци като Кръстьо Граматик и поп Аврам Димитриев са работили тук. Финансово, манастирът е бил подкрепян най-вече от еснафа на пловдивските абаджии.
По настоящем манастирът е действащ и отворен за посетители. Разполага с две църкви – едната посветена на Св. Св. Козма и Дамян и построена през 15 в., а другата наречена “Св. Благовещение” и построена през 50-те години на 20 в. Манастирският комплекс включва също така стопански и жилищни постройки, както и голямо аязмо недалеч. Църквата “Св. св. Козма и Дамян” представлява 22м. дълга и 8м. широка кръстовидна безкуполна постройка.
По време на принудителното помохамеданчване на българското население, манастирът е бил опожаряван неведнъж, но все пак неговите уникални стенописи са оцеляли. В края на 18-ти, началото на 19-ти в. манастирът е бил обитаван от гръцки монаси, които замазали оригиналните му стенописи и ги покрили с нови, изписани с гръцки надписи. При по-късното реставриране на църквата са възстановени и сега могат да се видят и двата пласта фрески. Манастирът е обявен за паметник на културата. Неговият празник се отбвлязва всяка година на 29-ти юни, Петровден, като празненствата обикновено продължават 3 дни. На този ден иконата на Св. св. Козма и Дамян, за която се смята, че е чудотворна, се изважда от църквата.
Кукленският манастир "Св. безсребърници Козма и Дамян" пази спомена за героите от "Козият рог". Тук те са изживели част от живота си, оставили са следа, която по чудо не е била заличена от вълните на времето. Няма българин, който да не знае историята от "Козият рог", да не е гледал или поне чувал за филма със същото име. В Куклен и днес разказват историята за Караиван, за Караиваница и за дъщеря им - отмъстителката Мария, почти като легенда.
Козият рог
Караиваница се славела с голямата си, ненагледна хубост. Затова и била изнасилена. След гаврата на турците с нея тя полудява. Мъжът й Караиван я качва на магарето и я довежда да се лекува в Кукленския манастир при лековитата вода в аязмото. В манастира умира и е погребана самата Мария. Накрая и Караиван идва тук в последните дни от живота си, за да пречисти съвестта си пред Бога. Преди да се спомине се изповядва и разказва на свещеника историята за козия рог и хайдутката Мария, неговата дъщеря. Самата Мария свършва трагично своя живот, когато, обградена от турските преследвачи, се хвърля от една скала. Монахът, разказал на Николай Хайтов тази история, завършил така:
"Много неправди, а една Мария! Затуй не се е оправил този свят!" всъщност това е и финалът на разказа "Козият рог".
Ето още една легенда за светите лечители-братята безсребреници-Козма и Дамян:
„Братята Козма и Дамян се родили в богато семейство. Още като деца били възпитани да почитат Бог и да живеет по неговите закони. Раздавали милостиня на бедните. Хранели гладните и обличали сиромасите. Господ ги дарил с чудотворни способности - да изцеляват болните от всякакви страдани. Те правели това даром, затова ги нарекли ‘безсребнерици'. Славата на благочестивите лечители растяла. Но завистливи езичници ги наклеветили пред царя. Изпратил ги на съд и поискал от тях да принесат жертва на езическите богове. Светите мъже били непреклонни. Разгневеният императорът осъдил лечителите на смърт. В този миг Бог го наказал - главата му се обърнала назад пред очите на онемелите от изненада римски поданици. Безпомощен, царят започнал горещо да се моли на Бог. С помощта на двамата братя бил изцелен. В знак на признателност, императорът върнал свободата и славата на Козма и Дамян. Двамата лечители продължили да обикалат села и градове, да изцеляват болни и да сеят вярата Христова в сърцата на еретиците. Своята мъченическа смърт св. безсребреници Козма и Дамян намерили през 284 г., когато първият им учител ги пребил с камъни от завист и злоба. Телата им погребали в един гроб в днешна Сирия.”
Много интересна статия от която научих нови неща,изглежда малък, но красив манастир, не знаех, че..." Караиваница се славела с голямата си, ненагледна хубост. Затова и била изнасилена. След гаврата на турците с нея тя полудява. Мъжът й Караиван я качва на магарето и я довежда да се лекува в Кукленския манастир при лековитата вода в аязмото....." това, което й се е случило е жестоко....но ето от къде ида славата и на манастира.